会社を設立しました。従業員を5人雇ってから数ヵ月後に、扶養控除等申請書を従業員からもらうのを忘れていたことに気づきました。源泉所得税は甲欄で算出して天引きしていますが、今からでも扶養控除等申請書を従業員に提出してもらう必要がありますか？

「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」は、従業員が所得税の控除を受けるために必要な書類であり、給与を初めて支給する日の前日までに提出してもらう必要があります。
この扶養控除等申告書の用紙は、税務署に用意されているほか、国税庁のサイトからダウンロードすることも可能です。従業員から申告書の提出を受けたら、会社に保管します。保存すべき期間は、申告書の提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日より7年間です。
扶養控除等申告書は、扶養家族の氏名や年齢、障碍者の有無等を従業員が会社に報告するものです。会社は、申告書に記された扶養家族の人数と給与の額を「源泉徴収税額表」に当てはめ、給与より控除する所得税額を計算します。源泉徴収税額表として、「月額表」、「日額表」、「賞与に対する源泉徴収税額の算出率の表」の3種が存在しますが、毎月給与を支払うのであれば月額表を用います。
税率として主に甲欄(低い税率)及び乙欄(高い税率)がありますが、扶養控除等申告書があれば甲欄で算出し、なければ乙欄で算出します。ご質問のケースでは、扶養控除等申告書がないにもかかわらず、甲欄で源泉所得税の額を計算していたということです。申告書がないなら乙欄で算出するのが原則ですので、全ての従業員に申告書を提出してもらう必要があります。
正社員のほか、パートやアルバイトについても、扶養控除等申告書を確実に提出してもらわなければなりません。申請書がない場合には、いかに少ない給与であっても最低約3％の所得税を徴収することが必要です。