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従業員10人の会社を設立し、このたび初めて年末調整をしました。従業員に対して発生した還付金が、12月に徴収した税額を上回っていますので、差額は会社が立て替えることにしました。この場合には1月は納税額がないということですので、税務署に対して納付書を提出せずにそのまま放置していいのでしょうか?

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会社設立と経理
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1.年末調整の必要性
月ごとに給料を支払う際に、会社は従業員の所得税の源泉徴収を行わなければなりません。この月ごとに徴収した税額を1年間合算した額は、それぞれの従業員の給与総額について納付すべき年税額と、同一にはならない場合が大半です。
したがって、1年間の給与総額が確定する年末に、その年に納付すべき所得税の再計算を行い、それまで徴収した税額との過不足を計算することとなります。そして、不足分については徴収を、超過分については還付を行います。このような精算の手続きは、「年末調整」と呼ばれています。
従業員全てについて年末調整をするのが原則ですが、次に掲げる人は年末調整の対象外とされています。
・扶養控除等申告書の提出を行わない人
・1年間の給与の総額が2,000万円を超過する人
・年の途中で退職した人

2.年末調整の大まかな流れ
年末調整の大まかな流れは、次の通りです。
「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」、「給与所得者の保険料控除申告書兼給与所得者の配偶者特別控除申告書」、「給与所得者の(特定増改築等)住宅借入金等特別控除申告書」を、従業員より回収します。
   ↓
従業員より回収した書類について、不備の有無をチェックし、生命保険料控除等の控除額を算出します。
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1年間に支給をした給与や賞与等の総額、月ごとに徴収した税額を確定させます。
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給与総額より給与所得控除や生命保険料控除、扶養控除等の控除額を控除することで、「課税所得金額」を算出します。1,000円に満たない額を切り捨てて、「年末調整のための算出所得税額の速算表」に基づき、年税額を計算します。
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それまでに源泉徴収を行った所得税額と上記年税額との過不足を算出します。源泉徴収を行った所得税額が年税額を上回っている場合にはその金額の還付をしますが、下回っている場合には不足額の徴収をします。

3.還付金が納税額を上回っている場合
 従業員に対する還付金の支払いは12月に支払う給与より預かった源泉所得税をその財源とし、残額を翌年1月10日までに納付します。
 還付金が12月に徴収した税額を上回っている場合には、会社が立替えをして従業員に対して還付金を支払うか、翌月の源泉徴収税額が生じるまで還付を待ってもらって相殺します。
ご質問のケースのように会社が立替えをしたのであれば、1月は納税額がないものの、税務署に対して、超過税額としてマイナスの数字を記した納付書を提出しなければなりません。「差引納税額」はゼロであることから金融機関では受領してもらえませんので、税務署に郵送で提出するか、税務署の窓口に持参します。なお、会社が立替えをした金額については、翌月の納税額より控除することにより精算します。